داستان این مجموعه تلویزیونی از زخمی شدن امام حسن(علیه السلام) به دست کوفیان و اقامت امام در مدائن، که عموی مختار حاکم آن است شروع می‌شود. مختار که سیاست و جنگ را کنار گذاشته و در مدائن و در جنوب کوفه گندم‌کاری می‌کند از طرف عمو فرا خواند می‌شود تا از امام حسن(علیه السلام) محافظت کند. بعد از شهادت امام توسط همسرش جعده که در سال ۴۱ قمری اتفاق افتاد، در ادامه، داستان به وقایع سال ۶۰ قمری و مرگ معاویه و حکومت یزید و جریان بیعت گرفتن از امام حسین(علیه السلام) رفته و در نهایت پنج سال بعد از حادثه عاشورا، مختار به عنوان رهبر چهارمین قیام پس از عاشورا با متحد کردن شیعیان و همکاری ابراهیم بن مالک اشتر در کوفه علیه حکومت امویان قیام می‌کند و با شعار یا لثارات الحسین به خون خواهی امام حسین(علیه السلام) و شهدای کربلا، از قاتلان آنها انتقام می‌گیرد و سپس در کوفه به مدت ۱۸ ماه حکومت تشکیل می‌دهد. وی در این مدت سه جنگ بزرگ با ابن زیاد، سپاه شام و آل زبیر را پشت سر می‌گذارد که در نهایت، قیام به دست مصعب بن زبیر در هم شکسته و مختار کشته می‌شود.